Отношения Синдзи с окружающими постепенно налаживаются — но только не с его отцом. Однако в годовщину смерти матери Синдзи встречается с ним у её могилы, и им удаётся поговорить, хотя разговор оказывается не из лёгких… Пока командующий находится в антарктической экспедиции, Евы впервые противостоят Ангелу втроём, а Кадзи раскрывает Синдзи некоторые из секретов NERV.
Между тем из Америки в Японию переправляют Еву-03, и подходящим кандидатом в пилоты становится Тодзи Судзухара. Синдзи убеждает друга, что бояться нечего, но активационные испытания идут совсем не так, как запланировано… Издание включает в себя оригинальные тома 5 и 6.