Тысячу лет назад Землю уничтожила раса Гауна – гигантские практически неуязвимые пришельцы. «Сидония» – один из межзвездных кораблей-городов, на которых выжившие люди странствуют по космосу и ищут новый дом. Одновременно жителям «Сидонии» приходится отбиваться от нападений Гауна – для этого созданы специальные роботы, Стражи.
Нагатэ Таникадзэ вырос на заброшенных нижних уровнях «Сидонии». Случайно оказавшись наверху, он был обнаружен военными, которые заметили в юноше талант к управлению боевыми механизмами и назначили его пилотировать «Цугумори» – Стража старой модели. Теперь Нагатэ и его собратьям-пилотам предстоит выжить в почти безнадежной войне против Гауна.