Каору, чью дружбу отверг Синдзи, оказывается совсем не тем, за кого он себя выдавал. Решающее сражение разворачивается непосредственно в штаб-квартире NERV. Каору просит Синдзи об одной, последней услуге, и тому придётся принять поистине чудовищное решение… Но у NERV объявляется новый враг: силы SEELE штурмуют штаб-квартиру, не щадя никого на своём пути.
Отчаявшегося и утратившего волю к жизни Синдзи в последний миг спасают Гэндо и Мисато. Они понуждают его идти к Еве-01. Тем временем Аска, укрытая в Еве-02, приходит в себя и, осознав истинную суть AT-поля, принимает неравный бой… Издание включает в себя оригинальные тома 11 и 12.